Marcello Flores insegna Storia comparata e Storia dei diritti umani nell'Università di Siena, dove dirige anche il Master europeo in Human Rights and Genocide Studies.
Ha compiuto soggiorni di studio e periodi d'insegnamento a Berkeley, Cambridge, Parigi, Mosca, Varsavia dove è stato per due anni addetto culturale presso l'Ambasciata d'Italia.
Ha organizzato i seguenti convegni internazionali:
- "Il mito dell'Urss. La cultura occidentale e l'Unione Sovietica", Cortona, 1989;
- "L'identità collettiva e la memoria storica", Varsavia-Siena, 1994;
- "L'esperienza totalitaria nel XX secolo", Siena, 1997;
- "Storia, Verità, Giustizia: i crimini del XX secolo", Siena, 2000.
Ha organizzato la prima mostra internazionale sul “GULag. Il sistema dei lager in Urss” organizzata dal Comune di Milano nel 2000, che ha circolato per una ventina di comuni italiani.
Fa parte del Comitato scientifico e del Comitato editoriale di “Storia della Shoah. La crisi dell’Europa, lo sterminio degli ebrei e la memoria del XX secolo” (Utet) di cui sono usciti sei volumi. Sempre per la Utet ha curato l’opera in sei volumi “Diritti umani. I diritti e la dignità della persona nell’epoca della globalizzazione”, uscita nel 2007. Fa parte del comitato scientificio per la pubblicazione dei documenti diplomatici italiani sull'Armenia.
Dal 2006 al 2011 è stato Assessore alla Cultura del Comune di Siena.
Tra le sue ultime pubblicazioni: La fine del comunismo, Bruno Mondadori, Milano, 2011; Storia dei diritti umani, il Mulino, Bologna, 2008;1917. La rivoluzione, Einaudi, Torino, 2007; Il genocidio degli armeni, il Mulino, Bologna, 2006; Tutta la violenza di un secolo,Feltrinelli, Milano, 2005; Il secolo-mondo. Storia del Novecento, il Mulino, Bologna, 2001; Storia, verità, giustizia. I crimini del XX secolo (a cura di), Bruno Mondadori, Milano, 2001; Verità senza vendetta. L'esperienza della Commissione sudafricana per la verità e la riconciliazione, Manifestolibri, Roma, 1999